| 任职期限 | 所长 | 副所长 |
|---|---|---|
| 1952-1959 | 华罗庚 | |
| 1959-1964 | 华罗庚 | 范鳯歧、关肇直(1961年始任) 郑之辅 (1962年始任) |
| 1964-1966 | 华罗庚 | 关肇直、郑之辅 |
| 1966-1969 | 华罗庚 | 关肇直 |
| 1969-1974 | 华罗庚 | 关肇直、谢寿华(1973年始任) |
| 1974-1977 | 华罗庚 | 关肇直、谢寿华 |
| 1977-1978 | 华罗庚 | 关肇直 |
| 1978-1979 | 华罗庚 | 田方增(常务) 吴文俊、朱良 |
| 1980-1984 | 华罗庚 | 陆启铿(常务) 朱良、杨乐(1982年始任) |
| 1984-1985 | 华罗庚(名誉) 王元 | 杨乐 |
| 1985-1987 | 王元 | 杨乐 |
| 1987-1991 | 杨乐 | 陆汝钤，李文林 |
| 1991-1995 | 杨乐 | 邵秀民、李文林、韩锋(1993年始任) |
| 1995-1996 | 龙瑞麟 | 李炳仁、韩锋 |
| 1996-1998 | 李炳仁(代理) | 王跃飞、韩锋 |
| 1998-2002 | 王跃飞 | 冯琦 |
| 2002-2012 | 周向宇 | 尚在久 |
| 2012-2017 | 尚在久 | 孙笑涛 |
| 2017-2022 | 张平 | 徐晓平 |
| 2022-2022 | 徐晓平(代理) | 付保华 |
| 2022- | 付保华 | 刘劲松 |
